يستهدف الاتحاد المصرى لكرة القدم، من مشروع الأكاديميات رفع مستوى اللعبة واكتشاف المواهب ، وهو ما يُعد رافداً فنياً جوهرياً للمنتخبات الوطنية، بجانب مجموعة كبيرة من الأهداف الأخرى أهمها:
- توسيع قاعدة ممارسة كرة القدم بشكل منظم وإستثمار إمكانات وفروع الأندية في توسيع قاعدة براعم كرة القدم.
التركيز على المهارات الفنية من سن مبكرة.
تعليم الأطفال أساسيات كرة القدم.
عدم التركيز على النتائج في المراحل السنية الصغيرة ، بل إعطاء الأولوية للتطور الفردي.
تجنيب الممارسات السلبية ووضع الضغوط على اللاعبين للفوز في المباريات.
تعليم وتربية الأطفال على سلوكيات اللعب النظيف. 
مشاركة القطاع الخاص بفاعلية فى توسيع قاعدة ممارسة كرة القدم وفق حوكمة إدارية ومالية وفنية من الاتحاد وفروعه.